Всього п'ять кілометрів відокремлюють Мессіну від материкової частини країни, що надає особливої важливості порту міста. А тому історія Мессини нерозривно пов'язана з морем і протокою, яка носить ту саму назву і яку, згідно з легендою, охороняли дві жахливі чудовиська — Сцілла і Харібда. Сцила —- це дочка Форкіса і Гекати, про неї говорили, що має дванадцять ніг і шість собачих голів, і що вона живе під стрімчаком з боку материка. Саме вона напала на корабель Улісса, схопивши шістьох його моряків. По інший бік протоки, з боку Сицилії, жила Харібда, яка всмоктувала морську воду, поглинаючи разом з нею корабель.
Природну гавань, що має форму півмісяця, корінні мешканці називали Дзанкале; у цьому місці, починаючи з VIII ст. е., знаходилося поселення, засноване халкидскими греками. Після їх підкорення військами Анассили тут стали селитися мессиняни, звідки і виникла назва міста — Мессана (Мессіна). У наступні століття місто опинилося в самому центрі запеклих суперечок між дорійцями та іонійцями і було залучено до конфліктів між сицилійськими містами аж до окупації Мессини військом карфагенян під проводом Ганнібала. У 264 р. до н. римляни звільнили місто від карфагенян, перетворивши його на плацдарм для подальших експансій на острові. Нове союзницьке місто (civitas foederata) користувалося тривалим періодом благоденства та процвітання, перетворившись на «щасливий острівець» у бурхливому морі сицилійського життя, коли за намісника Сицилії пропретора Верреса і в епоху повстань рабів по всьому острові прокотилася хвиля пограбувань, на прохання хвиля пограбувань.
Після падіння імперії, Мессіна тривалий час перебувала під владою готових і візантійців до приходу мусульман (IX ст.). Починаючи з ХІ ст. місто, що мало глибоке християнське коріння, з радістю зустріло прихід норманів, які перетворили його на добре укріплену фортецю. Під владою Штауфенов місто не змирилося зі втратою своєї незалежності, що призвело до спроби повстання (перша пол. XIII ст.).
Зазнала Мессіна і влада анжуйців, позбавившись її під час «Сицилійської вечірні». Ставши арагонським, місто розділило долю Іспанського Будинку до XVIII ст. У перші тридцять років XVIII ст. Мессіна знаходилася під владою Савойського Дому та Австрійської династії, а в 1734 р їхнє місце зайняла династія Бурбонів, яка правила до приєднання Сицилії до королівства Італія (I860 р.).
Перебуваючи в зоні підвищеної сейсмічної небезпеки, місту довелося не раз зазнати згубних наслідків землетрусів. 5 лютого 1783 р. Мессіна була майже стерта з землі. На світанку 18 грудня 1908 р. стався катастрофічний землетрус, що супроводжувався сильним штормом і припливом, що повністю зруйнував Мессіну, і забравши 80 000 життів.
Друга світова війна, у свою чергу, також нещадно обпалила місто, яке пережило за свою історію такі тяжкі випробування.
Сьогодні Мессіна є красивим сучасним містом, будівлі якого побудовані з найсуворішим дотриманням антисейсмічних критеріїв. Його планиметрію відрізняє регулярність та прямолінійність. І хоча донині дійшли лише скромні докази тисячолітньої історії міста, він становить величезний інтерес як центр культури та мистецтва, розташований серед чудового ландшафту, і як великий торговий центр, має першорядне значення зв'язку Сицилії з рештою Италией.